Οι αμυντικές ολιγωρίες και το μοιραίο πεντάλεπτο του πρώτου μέρους (29’ 34’) κόστισαν στον Παναθηναϊκό, που γνώρισε την ήττα με 3-2 στο «Μαδριγάλ» χάνοντας τεράστια ευκαιρία να πάρει το εισιτήριο της πρόκρισης. Πλέον το σύνολο του Ιβάν Γιοβάνοβιτς θα παίξει τα ρέστα του κόντρα στη Μακάμπι Χάιφα για την τρίτη θέση  Η Βιγιαρεάλ ευτύχησε στην πρώτη της σπουδαία φάση να ανοίξει το σκορ στο 29’. Με τον Άκομαχ να περνάει από τα δεξιά τον Μλαντένοβιτς και να γυρίζει την κατάλληλη στιγμή στον Μπαένα ο οποίος στην πλάτη της άμυνας του Παναθηναϊκού πλάσαρε εύστοχα. Η ισπανική ομάδα ευτύχησε να ζευγαρώσει τα τέρματά της στο 34’ εκμεταλλευόμενη νέα αδράνεια της πράσινης άμυνας. Η μπάλα στρώθηκε στον Κομεσάνια που έπιασε το σουτ  έξω από την περιοχή, που δεν αφήνει περιθώρια αντίδρασης στον Μπρινιόλι.

Η Βιγιαρεάλ ανέβασε τον δείκτη του σκορ στα επίπεδα του 3-0 στο 47’  Μετά το τεράστιο λάθος του Αράο, που επέτρεψε στον Μπαένα να πασάρει την κατάλληλη στιγμή στον Μοράλες, ο οποίος μέσα από την περιοχή έστειλε τη μπάλα στην δεξιά γωνία του Μπρινιόλι.

Η είσοδος  του Φώτη Ιωαννίδη μεταμόρφωσε τον Παναθηναϊκό, που μείωσε στο 66’ Το πέναλτι που κέρδισε ο Αϊτόρ στο 66’ βρήκε τον Ιωαννίδη να εκτελεί στο δοκάρι και στην επαναφορά ο Παλάσιος έγραψε το 3-1.

Οι «πράσινοι» συνέχισαν να πιέζουν και στο 81’ ξαναμπήκαν στο ματς. Η σέντρα του Βιλένα βρήκε τον Ιωαννίδη να φεύγει στην πλάτη της άμυνας και να γράφει το 3-2.